Shamaton писал(а): ↑
А что за линейка? За базу я брал отфрезерованные ранее детали, одну линейку я прикрутил сразу, а вторую я просто наживил портал и относительно портала прокатывал.
Примерно такая процедура.
А есть видео где конкретно делают это?
 
Найдете, если будет желание. Мне достаточно такого ответа.
Мое видение.
Криво установлен первый рельс.  Относительно конечно. Но неточность установки допустим в пять соток на отрезке 200мм (между каретками) приводит к смещению противоположного конца портала от перпендикуляра на 0,05/200*1200=0,3мм (естесственное смещение). 
Но поскольку винта два, второй винт принудительно устанавливает свой конец портала в требуемую точку (теоретическую). Т.е. где-то больше, где-то меньше, но портал постоянно находится в напряжении, увеличивая трение, срывая шаги и прочее. Если бы стояли круглые рельсы, они бы простили такое издевательство, но система на квадратных рельсы более жесткая, изгибу сопротивляется хуже.
Проверка теории:
Ослабить одну гайку. Т.е. открутить все винты, повернуть гайку на пол-оборота (отодвинув её фланец от ложа на 2,5мм) и наживить болты, чтобы они придерживали гайку от проворота. Таким образом двигать будет только один винт, а второй будет только указывать целевое положение конца портала.
Двигать портал вперед-назад, следя за зазором между фланцем гайки и его ложем (отклонением от перпендикуляра).
Ну и как минимум ослабление гайки приведет к устранению напряжений в портале и исключит перегрузку двигателя для дальнейших исследований.