Ну я так понимаю, что упор подъезжает к диску пилы - дотрагивается - обнуляется, и потом в контроллере Arduino начинает ехать на то расстояние, которое задано в таблице xml... он же свои координаты не забывает... Ну и линейку которую я привел выше, можно присобачить для проверки размеров...
Я бы такой станок, вообще из дерева сделал... деревянный стол если нужно, можно с собой взять, цепь растянул - натянул и всё работает.
Конечно, одно дело пились доску типа вагонки или что-то похоже и другое дело, это какие-нибудь дорогостоящие точные профиля где нужны точные работы и сам профиль дорогой... там наверное надо разрабатывать что-то более серьёзное...