Можно, но проблема возникает даже при выключенном компьютере (при управлении драйвером через com порт), так что проблемы с настройкой LinuxCNC маловероятны... Хотя, если подумать, это, действительно, может исправить проблему. Попробую.
Опять же, тогда это смещение не появлялось бы на "голом" драйвере при управлении по COM порту, так как сигналы STEP и DIR при этом не используются. Но могу попробовать подключить сигналы STEP и DIR напрямую с компьютера экранированным проводом, без платы развязки.
Сейчас думаю, что наиболее вероятные причины - плохое заземление проводов энкодера (экранирование), либо наводки по питанию, либо наводки от драйвера на сигналы энкодера. Но не исключаю и другие варианты, в том числе и то, что я что-то не так делаю при измерениях (Хотя с другим драйвером всё норм). Или драйвер может наводить помехи на цепь STEP (сам на себя).